腹瀉又稱下痢，一般來說是指當天排便超過三次，且糞便呈現鬆散、水狀或稀糊狀，或許氣味難聞，或是糞便中伴隨未消化完全的食物。腹瀉會導致身體水分和電解質流失，嚴重時可能造成脫水。
腹瀉可能由感染、食物不耐受、藥物或腸道疾病引起。許多毒素都是透過腸道排出體外，血液將毒素運送到腸壁，毒素穿過腸壁進入腸腔時，會刺激腸道引起腸壁發炎。這時，上消化道 (GI) 的自然防禦反應就是將鹽分與水分拉進腸道，引發腹瀉的形式以快速排出毒素。實施 GAPS 食療期間或排毒過程中，腹瀉也可能作為消亡反應 (Herxheimer Die-off Reaction) 的一部分出現。
有些 GAPS 患者會有腹瀉和堅硬宿便並存的情形。腸壁上黏附大量的宿便，形成狹窄的硬便隧道，新便擠過隧道時便成了腹瀉，這種就是便秘與腹瀉並存的情形。
GAPS 食療期間如果發生腹瀉，請堅持 GAPS 食療不要停止，並採取以下應對方式：
- 補充電解質：避免脫水，常溫新鮮椰子水是最棒的天然電解質。
- 調整飲食：腹瀉的主要治療方法是逐步實施 GAPS 入門飲食 (GAPS Introduction Diet)。如果實施期間仍有大量水瀉，就暫時停止吃任何植物性食物，採行 GAPS 無植物飲食 (GAPS No-Plant Diet)，也就是立即停止食用蔬菜、水果和堅果，只吃飲食中富含膠質和蛋白質的肉骨湯。等到腹瀉停止且排便穩定下來後，就可以緩慢地逐一引入煮熟的蔬菜，但不要吃任何粗纖維部分，例如吃花椰菜但不吃梗。另外，食用蘆薈也可以減緩急性期的症狀。
- 漸進引入：如果最近才開始吃優格、奶克非爾、康普茶或是服用益生菌膠囊，尤其是沒有漸進少量，而是立刻就大量攝取，有可能腹瀉。這時應立刻停止服用原來的量，依照「漸進緩慢，少量起步」(low and slow) 的原則，從最少量階梯式增加量和頻率。「從未」接觸過任何發酵食物或是益生菌補充品的人，也是依循同樣的原則 (請參閱乳製品引入架構)。
- 調整乳製品：若有攝取乳製品，應避免「高油脂」乳品，如酥油、牛脂、酸奶油。改吃「高蛋白」乳製品，如乳清、優格或奶克菲爾作為替代。
- 補充酵母菌：可以透過補充品或發酵食物攝取酵母菌 (Saccharomyces Boulardii)，作為一個療程，可以減輕腹瀉症狀並紓緩腸絞痛。這部分請詢問您的醫師來知道適合的劑量為何。
便秘
便秘的可能表現包括：原本每日規律排便但突然中斷、排便時腹部疼痛或是悶痛、排便頻率異常增多或減少、覺得老是排不乾淨、糞便呈現羊糞狀 (呈顆粒狀且堅硬)、難以順利成條形或過於乾硬。
許多人在實施 GAPS 食療前已有慢性便秘。入門飲食初期，由於蛋白質攝取增加、纖維減少，再加上油脂攝取不足，可能導致排便不順。另一種原因是人體自癒機制消亡反應 (Herxheimer Die-off Reaction)，身體在好轉過程中，病原體大量死亡釋放毒素導致身體短期便秘，這與一般便秘不同。
GAPS 食療期間如果發生便祕，請堅持 GAPS 食療不要停止，並採取以下應對方式：
- 發酵食品和益生菌補充品：依照「漸進緩慢，少量起步」(low and slow) 的原則，從最少量階梯式增加量和頻率。「從未」接觸過任何發酵食物或是益生菌補充品的人，也是依循同樣的原則 (請參閱乳製品引入架構)，避免一次大量攝取，以免引發消亡反應及身體的適應性反轉。
- 增加油脂與膠質攝取：每餐適量添加油脂，並增加攝取富含膠質的肉類 (如雞爪、牛腱、豬膝、牛尾等)，同時適量減少肌肉類肉品攝取。
- 選擇適當的蔬菜與飲品：選擇煮過的蔬菜 (如南瓜)、富含油脂的堅果。也可飲用富含鎂的慢磨蔬菜汁 (如西洋芹、甜菜根)，但也是從少量 50cc 開始，避免大量飲用導致消亡反應。注意避開高果糖的水果與果汁，因糖類可能間接加重便秘。
- 調整乳製品：與腹瀉的處理相反，若有攝取乳製品，應避免「高蛋白」乳製品，如乳清、優格或奶克菲爾。改吃「高油脂」乳品，如酥油、牛脂、酸奶油作為替代。
- GAPS 奶昔：可飲用 GAPS 奶昔 (少量鮮榨蔬果汁＋酸奶油/Mascarpone 起司/鮮奶油/ 椰子油＋生雞蛋打成奶昔)來改善膽汁分泌。
- 規律運動和飲水充足：可在飲水中添加少許食品級瀉鹽 (鎂)，並養成規律運動的習慣，促進腸道蠕動。
必要時的處置
Dr. Natasha 建議，若超過 36 小時無法排便，且無明顯腸道蠕動，則可考慮灌腸幫助排便。另外，還可以每天採行以下做法幫助排便：
- 瀉鹽排毒浴。
- 進餐前服用 HCl (消化酶)，或慢慢增加攝取的發酵菜汁、水克、康普茶，從每日50cc 增加到每日200cc。
- 補充特定藻類與藥草茶：可將螺旋藻、小球藻加進飲用水/鮮榨蔬果汁裡，或是泡蒲公英花草茶。
- 調整油脂消化能力：膽汁分泌不足是便秘的主因之一。若肝臟未能將足夠的膽汁分泌到十二指腸，就無法妥善消化脂肪，導致脂肪與鹽類結合，在腸道中形成「肥皂」，把食物黏在一起並導致便秘。
膽結石是造成膽汁分泌不足的最常見原因。對於 GAPS 患者來說，由於腸道菌群異常和胃酸分泌不足，肝臟無法獲得足夠的刺激來排空膽結石，因此膽結石會停留在膽管中太久而鈣化。隨著膽石表面累積越來越多的鈣鹽，會逐漸變大，表面變硬粗糙，就難以通過膽管 (卡住)。夠多膽管被膽結石阻塞時，膽汁就無法順暢流動，導致脂肪消化不良，最終引起便秘。定期空腹飲用GAPS 奶昔有助於加速排空膽結石，改善脂肪消化。 - 每天補充氨基酸螯合鎂，偶爾可使用氧化鎂作為瀉劑。
- 增加果膠攝取：食用黑棗和煮過的蘋果以促進腸蠕動。
- 蓖麻油 (Castor oil) 按摩腹部：對便秘有幫助，特別是對兒童。夜間＊將蓖麻油塗抹在腹部，順時針方向輕輕按摩 (沿著大腸的自然蠕動方向，從右髖上移、穿過腹部，再到左髖)。在肚子上蓋上一條茶巾，放上熱水袋，讓患者入睡。油分會通過皮膚吸收，幫助第二天早晨鬆弛腸道。＊劑量根據「被按摩者」的掌心大小，例如按摩小孩，劑量就是小孩的掌心大小。
調整排便姿勢：如廁時，將腳部墊高或使用蹲式馬桶，有助於自然排便。